Зайдите на ваш виртуальный сервер и выполните следующую команду под правами root:
du -h / | grep '^.*[0-9]G' | sort -n
или
du -h / | grep '^.*[0-9]M' | sort -n
Данные команды покажут список каталогов и занимаемый обьем на диске в гигабайтах (первая команда) и мегабайтах (вторая команда)